Η ΑΕΝ Μακεδονίας ιδρύθηκε το 1969 και αρχικά λειτουργούσε ως Σχολή Μηχανικών.
Από το 1973 λειτουργεί στις σημερινές εγκαταστάσεις σε οικόπεδο 40 στρεμμάτων και 10000 τ.μ. στεγασμένους χώρους.
Το 1975 λειτούργησε και η Σχολή Πλοιάρχων.
Βρίσκεται 32χλμ από την Θεσσαλονίκη περίπου 500 μέτρα από τον Δήμο Νέας Μηχανιώνας.
Εντός των εγκαταστάσεων λειτουργεί και η Σχολή Σωστικών και Πυροσβεστικών Μέσων Μακεδονίας καθώς και το ΚΕΣΕΝ Πλοιάρχων και Μηχανικών.
Η Ακαδημία έχει κερδίσει τη συμμετοχή της σε 10 ευρωπαϊκά ερευνητικά προγράμματα με χρηματοδότηση 100% από την Ευρωπαϊκή Ένωση.
Από τo 2002 η Ακαδημία, ανέλαβε δράση για την προβολή στην Βόρεια Ελλάδα της Ελληνικής Εμπορικής Ναυτιλίας, της Ναυτικής Εκπαίδευσης και του επαγγέλματος του Αξιωματικού Εμπορικού Ναυτικού με απώτερο σκοπό την προσέλκυση νέων στο Ναυτικό Επάγγελμα.
Στα πλαίσια της δράσης αυτής, στάλθηκε πληροφοριακό υλικό σε 150 δευτεροβάθμια εκπαιδευτικά ιδρύματα του Νομού Θεσσαλονίκης, Λαρίσης, Τρικάλων, Σερρών, Δράμας, Καβάλας, Μαγνησίας και οργανώθηκαν με επιτυχία ημερίδες ενημέρωσης των Συμβούλων επαγγελματικού προσανατολισμού της δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης, καθώς και ημέρα OPEN DAY AEN. Παράλληλα συμμετείχεσε ημερίδες Επαγγελματικού προσανατολισμού που οργανώθηκαν από το ΣΕΠ της Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης Β’ Θεσσαλονίκης στο Πολεμικό Μουσείο. Προσωπικό της Σχολής πραγματοποιεί επισκέψεις σε ΓΕΛ και ΕΠΑΛ σε νομούς της Κεντρικής και Βόρειας Ελλάδας, ενώ επισκέφτηκαν τη Σχολή πλήθος σχολείων για ενημέρωση. Η Σχολή έχει συνεχή παρουσία στη ΔΕΘ, σε κλαδικές εκθέσεις και στη Ναυτική Εβδομάδα.
Οι απόφοιτοι της Σχολής Μηχνιακών αποκτούν τίτλο σπουδών Τρίτης Βαθμίδας Εκπαίδευσης και ταυτόχρονα το δίπλωμα Αξιωματικού Γ΄ τάξης, Μηχανικού Εμπορικού Ναυτικού. Επίσης μπορούν να πραγματοποιήσουν μεταπτυχιακές σπουδές σε Σχολές του Εσωτερικού και Εξωτερικού σε ειδικότητες που είναι αναγκαίες στο χώρο της Ναυτιλίας.